Il museo è stato inaugurato nel 1984, è ospitato presso l’ ex Convento dei Cappuccini (XVII sec.)  realizzato tra il 1611 ed il 1613 sotto la reggenza di Padre Gregorio da Castrogiovanni. L’impianto architettonico originario, comprendente anche la chiesa, dedicata a San Francesco, è stato oggetto di intervento nel 1984, quando fu adibito a sede museale. Si accede al museo dalla chiesa la cui navata è in parte utilizzata come sala per le conferenze. Segnaliamo al suo interno la testa dell’ Ecce Homo (attribuita a un certo Frà Umile da Petralia) che presenta la particolarità di cambiare espressione a seconda dell’angolo di visuale. Non si può mancare di ammirare inoltre il meraviglioso altare maggiore in legno dorato. Dalla stessa attraveso una rampa di scala si raggiunge la cripta, dalle pareti interamente ricoperte da avelli (nicchie) tombali.

Il museo ospita reperti provenienti da Morgantina e dal colle di Cittadella (sito su cui fu originariamente fondata Morgantina intorno al 1000 a.C.) ove si trovano anche i resti di un villaggio preistorico dell’Età del bronzo (1800 a.C.). La raccolta dei materiali esposti proviene dagli scavi condotti, a partire dagli anni ’50, dalla Missione Americana delle Università di Princeton e Virginia e dalle Soprintendenze di Siracusa, Agrigento ed Enna
Una visita al museo quindi, è giustificata da un duplice scopo.

L’ordinamento, nelle sale espositive, è cronologico e tematico. L’esposizione dei reperti è corredata da carte topografiche e pannelli esplicativi.

• Sale 1, 2 – Introduttive con pannelli documentari e vista sul chiostro.
• Sala 3 – Insediamento preistorico e protostorico: C.da S.Francesco e la Cittadella
• Sala 4 – Morgantina in età greca arcaica: la Cittadella 
  
• Sala 5 – La città ellenistico-romana: l’abitato di Serra Orlando, i santuari, le necropoli 
  
• Sale 6, 7, 8, 9 – Sezione numismatica (in allestimento) 
  
• Sala 10 – Storia degli scavi (in allestimento) 
  
• Sala 11 – Plastico di Morgantina; quadri del XVIII e XIX sec. 
  
• Sala 12 – Sala dei pithoi e delle vasche fittili 
  
• Sale 13, 14 – (piano rialzato) La vita quotidiana a Morgantina: le attività produttive, l’ambito domestico, i culti, gli spettacoli.